Nguồn gốc đích xác của rượu Shochu vẫn chưa được biết rõ ràng. Nguyên thủy, độ nặng của cồn trong rượu Shochu là từ rượu Araki hay Rambiki tại Nhật Bản. Rượu Arak là một tên chung chung cho một thể loại rượu chưng cất tại vùng Trung Đông.Shochu có nguồn gốc từ vùng Persia, bành trướng về hướng Tây vào Châu Âu và về hướng Đông tới Ấn Độ, bán đảo Triều Tiên và Okinawa.Shochu được chưng cất lần đầu tiên vào khoảng năm 1300 sau Công Nguyên, vào thời kỳ Mông Cổ chiếm đóng bán đảo Triều Tiên. Người Mông Cổ đã chiếm được kỹ thuật chưng cất loại rượu arak của người Ba Tư trong quá trình xâm lược Trung Á và Trung Đông vào khoảng năm 1256 sau Công Nguyên. Sau đó nó được đưa vào Triều Tiên với tên gọi là soju và những xưởng chưng cất rượu soju được xây dựng quanh thành phố Kaesong.

Vào khoảng thế kỷ thứ 16, kỹ thuật này du nhập vào Kagoshima, nơi mà rượu Shōchū ra đời. Loại rượu này được chưng cất tại Okinawa với cái tên địa phương là Awamori.

Theo lịch sử văn tự ghi lại thì rượu Shōchū được sản xuất trễ nhất là vào thế kỷ thứ 16. Thí dụ như, khi mà nhà truyền giáo Francis Xavier viếng thăm Kagoshima vào năm 1549, ông ghi lại rằng “người Nhật Bản uống rượu Arak làm từ gạo… nhưng tôi không thấy một người nào say sưa cả. Điều đó xảy ra bởi vì khi họ say, họ nằm xuống và ngủ ngay.”

Hơn thế nữa, tại đền thờ Koriyama Hachiman ở Okuchi, Kagoshima, tài liệu cổ nhứt liên hệ đến rượu Shochu được tìm thấy. Tại nơi này, hai người thợ mộc làm việc xây đền thờ vào năm 1559 đã khắc ghi lại trong một miếng gỗ làm trần đền thờ câu: “Vị cao tăng của Chùa rất bủn xỉn, ông ta không bao giờ cho chúng tôi một giọt Shochu để uống. Đúng là đồ khó chịu!”

Từ thời kỳ này cho đến triều đại Đức Xuyên, rượu Shochu được sản xuất khắp nước Nhật theo phương pháp cổ truyền Kasutori với chỉ một lần chưng cất duy nhứt. Vào thời Minh Trị, máy chưng cất rượu được nhập cảng từ Anh, và đã tạo cuộc cách mạng kỹ nghệ làm rượu Shochu tại Nhật Bản và giúp giá thành hạ xuống rất nhiều với độ tinh khiết cao trong suốt thời kỳ mà lúa gạo bị khủng hoảng.

Rượu Shochu được làm theo kiểu cổ truyền được gọi là rượu Shochu kiểu cổ, và sản xuất bằng phương pháp hiện đại thì gọi là rượu Shochu kiểu mới.